本教會開始於一九三八年，初時聚會借九龍城打鼓嶺道伯特利地方舉行，後來遷士他令道浸信會。光復時則假太子道303號地下吳清池先生（即吳毓輝前主席令尊）府上，不久又再遷士他令道浸信會聚會。

主日講道初時由主內弟兄姊妹輪流負責，及蒙伯特利教會牧師及各教會牧師幫助，主理講道，後來本會聘請陳應希先生為第一任傳道，第二任傳道為金腓力先生。一九四七年蒙神安排，得聘簡賜福先生為第三任傳道，並於一九五三年三月一日按立簡賜福先生為本會牧師。

一九四九年本會先賢前輩感於必須要有自己的禮拜堂及學校，所以發起籌建禮拜堂及學校運動，成立了九龍閩南中華基督教會籌建委員會，並於一九五四年向政府正式註冊為法團，展開籌募建堂、建校運動，獲海內外主內弟兄姊妹及美國歸正教會支持及奉獻，並蒙政府批贈天光道一幅三萬餘尺地皮為建堂，建校之用，感謝上帝，禮拜堂終於一九五八年在天光道舉行動土禮，一九五九年舉行獻堂禮。

簡賜福牧師於一九九一年十二月二日蒙主召回天家，由一九三八年至一九九一年，在本堂擔任傳道的同工，除陳應希先生、金腓力先生外，有盧宗獻牧師、陳濟民先生、黃存望牧師、許瑞瑞傳道、岑紹麟先生等。

一九九一年七月一日後曾任本堂傳道同工的有古學賢先生（已按立為牧師）（一九九一至九三年）、李英瑛姑娘、胡惠蓮傳道(一九九三至九六年)、鄭嘉慧傳道(一九九八至零二)、李淑芳姑娘（二零零二年七月至二零零四年二月十四日）、李英瑛姑娘（二零零四年二月十四日至二零零六年七月）。現任本堂的傳道為吳俊夫先生（一九九六年至今）、朱淑芬姑娘（二零零七年七月至今）及張福民牧師（二零零八年十月至今）。青年事工顧問牧師為陳如炳牧師。

自建堂以來，曾任本堂堂主任的有簡賜福牧師、吳毓輝先生、現任堂主任為戴漢生先生。

本會歷任主席有陳能方先生、卓德成先生、蘇子卿醫生、吳毓輝先生，現任主席為鄭欽貴先生。

本會開始時主日崇拜聚會時間為每主日上午十時半，感謝上帝，本堂一九七七年成立青年崇拜，當時對象大多數為閩光書院同學，聚會時間為下午三時正開始。後來於二零零三年三月開始，聚會時間改在上午九時正開始。

本堂現時工作除主日崇拜及青年崇拜外，尚有兒童崇拜、長者主日學、主日學、公禱會、青成年祈禱會、閩光團契、閩南小組團契、少年團及以馬內利團等，請參閱「聚會時間」欄。

詩篇一百二十七篇一節說：「若不是耶和華建造房屋，建造的人就枉然勞力、若不是耶和華看守城池、看守的人就枉然儆醒。」我們的工作，若不是倚靠神的帶領，就算不得甚麼，但願我們殷勤忠心，努力事主，使教會工作更得發展，弟兄姊妹更蒙上帝喜愛。